천신만고 끝에 캡슐에 잠들어 있던 전편의 유일한 생존자 리플리는 57년간 우주공간을 떠돌다 우주구조선으로 흘러들어 극적으로 구출된다. 에이리언에 대한 악몽으로 시달리는 리플리는 회사로부터 당시 로스트로모호가 착륙한 미정체 혹성 LV-426(아체론)과 화물선을 폭발한 것에 대해 추궁당한다.

원시 생물의 존재를 부정하는 생물 학자들은 인간의 몸 속에서 잉태되어 태어나는 염산 혈액을 가진 에이리언 이야기를 아무도 믿지 않는다. 더구나 20년 전부터 혹성에 우주 기술자와 가족을 보내 대기처리 장치의 개발을 시작하고 있었다.

그런데, 혹성과 연락이 두절되자, 리플리는 고문의 자격으로 우주 해병대와 함께 동행해 달라는 부탁을 받게 된다. 이윽고 혹성의 대기권에 도착, 우주선으로부터 셔틀선을 타고 혹성으로 내려와 특수장갑차 APC를 타고 건물 수색을 하게 된다. 이윽고 들이닥치는 에이리언 무리와 대결을 벌이게 되나 자만심에 차 있던 대원들은 하나 둘씩 처참히 죽어간다.

그러다 실험실에서 이주민의 마지막 생존자인 뉴트라는 12살 가량의 여자 아이를 발견하게 되는데...